Juan Bautista Arrien obtuvo los siguientes reconocimientos:
- Ciudadano del Siglo, Managua, otorgado por una Comisión Ad hoc. Enero del 2000.
- Reconocimiento de la Asociación de Cronistas Deportivos de Nicaragua en 2004.
- Reconocimiento del Comité de Educación de la Cámara de Comercio Americana de Nicaragua (AMCHAM) y Alianza Global para el Desarrollo (GDA) en 2004.
- Orden de la Paz “Martín Luther King”, otorgada por la Universidad Politécnica (UPOLI). 2004.
- Orden de La Libertad “Pedro Joaquín Chamorro Cardenal” en su alta distinción en el grado de GRAN OFICIAL (2004), otorgada por la Asamblea Nacional de Nicaragua.
- Orden Chepita de Aguerri, otorgada por el Gobierno Municipal de Juigalpa (2005)
- Hijo Dilecto de la Ciudad Capital Managua, nombramiento hecho por el Concejo Municipal de la Ciudad de Managua (2005).
- Medalla Grandes Educadores, otorgada por el Ministerio de Educación (2006).
- Reconocimiento del Foro de Educación y Desarrollo Humano de la Iniciativa por Nicaragua (FEDH-IPN) (2006).
- Medalla del Colegio Latinoamericano, otorgada por el Ejército de Nicaragua (2004).
- La medalla de los artistas de la Cultura (2004).
- Reconocimiento de la Asociación de clubes de Fútbol de Managua (2004).
- Reconocimiento de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua, Centro Regional de Carazo (2004).
- Medalla “Amistad Policial”, otorgada por la Policía Nacional (2004).
- Reconocimiento de la Mesa Educativa de Nueva Segovia (2005).
- Reconocimiento del Consejo Académico y Comunidad Educativa del Colegio Pierre Marie Curie (2005).
- Premio Nacional de Humanidades (Facultad de Humanidades UCA), primera edición (2006).
- Orden de la Independencia Cultural “Rubén Darío”, otorgada por el Presidente de la República (2007).
- Reconocimiento de la Federación Nicaragüense de Taekwondo. (2007).
- Medalla 50 Aniversario. Universidad Centroamericana UCA (2010).
- Varios diplomas de entidades y organizaciones nacionales diversas (UCA), Fundación Violeta de Chamorro y de Ex – alumnos del Colegio Centroamérica de Granada, etc.
